De elfde eeuw, een keizerlijke opdracht
Nadat in 1039 keizer Koenraad ii in Utrecht was overleden, kwam onder zijn zoon en opvolger Hendrik iii een groep kerken tot stand. (Nederland was onderdeel van het Heilig Roomse rijk)
Tussen 1040 en 1054 verrezen onder leiding van bisschop Bernold de Pieterskerk in het oosten, de Janskerk in het noorden en de Paulusabdij in het zuiden van de Domkerk. De Mariakerk in het westen werd pas in 1099 ingewijd en in de twaalfde eeuw voltooid. Deze kerken worden sinds de negentiende eeuw door onderzoekers gezien als een planmatig gebouwd kerkenkruis, al wordt deze bewuste kruisvormige aanleg ook wel betwijfeld. De bouw van de kerken was een hele prestatie, niet alleen vanwege de omvang van het werk, maar ook omdat de bouwstenen – tufsteen voor de muren en rode zandsteen voor kolommen en lijsten – per schip vanuit de Duitse Eifel moesten worden aangevoerd. Ook veel van het zwaardere bouwhout kwam uit die streek. De bouw van de Pieterskerk begon in 1040 en op 1 mei 1048 vond de inwijding plaats. Toen werd het hoofdaltaar gewijd, zodat de kerk in gebruik kon worden genomen.
Te midden van het verstilde interieur van een van de best bewaarde romaanse kerken van Nederland is het moeilijk voor te stellen dat de geschiedenis van de Utrechtse Pieterskerk vertelt van immense rijkdom, rampen en conflicten.
De zestiende eeuw: reformatie van katholiek naar protestant
Na de reformatie in 1580 werd het gebouw voor verschillende - niet religieuze doeleinden gebruikt. Zo was het hoogkoor snijzaal voor de Universiteit Utrecht en stalden Engelse legers hun paarden in het schip van de kerk.
In het laatste kwart van de zeventiende eeuw was er een sterke aanwas door de komst van de Hugenoten, Franse protestanten die vanwege geloofsvervolging hun land verlieten. Maar ook daarna bleef er behoefte aan een protestantse kerkgemeenschap, die plaats bood aan Franstaligen die om welke reden dan ook voor korte of langere tijd in Utrecht verbleven, zoals vluchtelingen, studenten, in Nederland woonachtige Fransen en reizigers. Sinds 1656 is de kerk thuishaven voor de Waalse gemeente (Nederlands Hervormd) en sinds 1823 hebben zij het gebouw in bezit.
Stadsbranden teisterden de kerk in de middeleeuwen, de Beeldenstorm wervelde door het interieur, de stormramp van 1674 velde de torens van de westgevel.
De 21ste eeuw: restauratie en nieuwe gebruikers van het gebouw
In de jaren '60 van de twintigste eeuw werd een grote restauratie ondernomen die het achterstallig onderhoud van eeuwen moest verhelpen. Recent zijn er weer grote aanpassingen gedaan waarmee het gebouw klaar is gemaakt voor modern gebruik. Naast de kerkdiensten is de Pieterskerk geliefd bij liefhebbers van (vocale) kamermuziek. De omvang van de kerk en de huidige inrichting met houten banken en plafond, maakt dat de akoestiek ideaal is voor concerten en geluidsopnames.
Door de centrale ligging, maar ook de omvang van de kerkzaal maakt dat we nog meer trouwe huurders van de kerk hebben. Daar horen inmiddels drie universiteiten bij die diverse activiteiten in de kerk ontplooien. In de jaren ’70 van de vorige eeuw heeft de kerkenraad besloten de crypte in te richten als columbarium voor urnen.
De gemeenteleden zelf zijn vaak afstammelingen van hugenoten, francofielen, in Nederland wonende Fransen en Franstalige Afrikanen. Onder de regelmatige bezoekers zijn er ook met een van huis uit katholieke achtergrond. De Pieterskerk vormt zo een plaats van ontmoeting in de stad, een spiritueel thuis voor mensen met uiteenlopende achtergronden.
De trend dat mensen geen lid meer willen zijn van een kerkgenootschap wordt ook hier gevoeld. Het heeft de gemeente uitgedaagd om een duidelijke focus te kiezen en juist de Franse taal als centrum van aandacht te maken. Het kerkbestuur wil de kerk ontwikkelen als centrum van de Franse taal, cultuur, muziek en religie.